Por antecipação o desconto fica disponível até a data de vencimento do boleto. Ou seja, se o cliente realizar o pagamento um dia após o vencimento, não irá mais contabilizar o desconto. Na criação do contrato, o desconto fica disponível durante todas as parcelas do cliente.
Para configurar acesse: configurações > financeiro > tabelas de desconto

OBS: esta tabela de desconto é vinculada no contrato do cliente.